奥特曼格斗进化3剧情顺序如下：
第一级：“戈尔赞的反击”
第二级：“暗影继承者”
第三级：“黑暗主宰”
第四关：“再见，奥特曼”
第五级：“怪物殿下”
第六级：“移动要塞无法漂浮”
第七级：“生死之战！”戴拿VS戴拿》
第8级：“超级守卫向西进发”
第9级：“两个怪物袭击东京”
第十级：“死刑！”《奥特五兄弟》
第11关：“超越奥特六兄弟”
12级：“大沉没！”日本列岛的最后日子！》
第13级：“MAC被摧毁！”光盘是有生命的东西！》
第14级：“嘲讽之眼”
第15关：“决战之日”
第16关：“高斯VS贾斯蒂斯最终对决”
第十七级：《世界十大据点同时入侵令》
第18级：“怪物标本”
第十九级：《恐怖红王复活宣言》
第20级：“激战！”艾迪VS塞文》
佐菲：在战斗模式中，他是在经过第一代之后出现的，按照七、杰克、艾斯、太郎的顺序出现。
阿斯特拉：在战斗模式中使用利奥，并在用奥特兄弟融合光束击败所有对手后出现。
艾迪奥特曼：以A级或以上完成超级模式1中的所有任务。2所有奥特曼都通过战斗模式一次。3所有奥特曼都经过前十大据点一次。（注：以上3个条件不包括AceRobot、EvilTiga、FakeDyna和UltramanRegedo）
妄想七：红王复活宣言，激战！斗争！艾迪VS塞文，这两个级别都是以A以上的评价等级出现的。
阿古尔奥特曼：使用盖亚V2形态在战斗模式中通关一次后出现（需要先装备）。
正义奥特曼：在第16关前半部分与高斯一起击败正义奥特曼后出现。
雷吉多奥特曼：16级出现，评价等级A以上，无法记录。
达达：完成A级以上Ultra模式的所有初始任务后，会与隐藏关卡“怪物标本”一起出现。
哥莫拉：以评价等级A以上的方式通过究极模式“怪物殿下”任务后出现。
红王：在终极模式“怪物标本”任务中与红王一起击败原始版本后出现。
杰顿：在终极模式的“奥特曼再见”任务中与佐菲一起击败杰顿后出现。
贝门斯坦：在终极模式“怪物标本”任务中与贝门斯坦一起击败初代后出现。
Zintel：出现在Ultra模式“双怪袭击东京”中，评级为A或以上。
巴克西姆：在终极模式“怪物标本”任务中与巴克西姆一起击败原始版本后出现。
艾斯机器人：在奥特模式“死刑！奥特五兄弟”任务中，用艾斯机器人直接击败王牌杀手后出现。
邪恶迪迦：完成评价等级B以上的究极模式“暗影继承者”后，在战斗模式下使用迪迦时有一定几率遇到迪迦，击败他后会出现。
冒牌奥特曼戴拿：完成评价等级B以上的奥特模式“死战！戴拿VS戴拿”后，在战斗模式中使用戴拿时有一定概率会遇到，击败它后就会出现。
宇宙正义机器人：在双打模式下与高斯奥特曼和正义通关一次后出现。
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